大型ホームセンターで働く主人公。いつも夜中に本を読みに行く喫茶店。そこに、歌手志望と名乗る女の子。
時は幕末。
庄内地方の海坂藩の下級武士である清兵衛は妻を病気で亡くし、幼い娘2人や年老いた母と貧しくも幸せな日々を送っていた。
家族の世話や借金返済の内職に追われる彼は、御蔵役の勤めを終えると同僚の誘いを断ってすぐに帰宅してしまうため、「たそがれ清兵衛」と陰口を叩かれていた。
ある日、清兵衛は幼なじみの朋江が酒癖の悪い亭主と別れ実家に戻ったことを知る。酒癖の悪い元夫がきて、暴れたものだから、決闘する流れになってしまった。しかし、決闘の場には木刀を持って行き、負かしてしまう。
それが、巷に広がり、上意討ちの討手に選ばれてしまう。
拒む清兵衛だが、藩命では断り切れない。
渋々上意打ちに行く。