19世紀末、アフリカで隠遁生活を送っていたアラン・クォーターメインは英国からの要請を受けて帰国を果たす。

 

ロンドンでは“M”を名乗る人物によって、国際的な武器密輸組織を率いる仮面の男ファントムを逮捕するため「超人同盟」の会合が開かれていた。

 

ファントムの組織に襲撃を受けた超人同盟は、米国スパイのトム・ソーヤーを加えてこれを撃退し、ファントムを追跡する。

 

しかし追跡の中で“M”の正体がファントム、そして死んだはずのジェームズ・モリアーティ教授である事が判明。
さらにドリアン・グレイが超人同盟の裏切り者で、メンバーの超能力を盗むことが目的であったことが明らかになる。

 

一度はバラバラになったかに見えた超人同盟のメンバーは、自分たちの能力をコピーした超人兵士の量産を防ぐため、南極にあるモリアーティの基地を襲撃する。

 

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