「ネイサン・ジェームズ」はボルティモアに帰港するが、生き残りを率いて抑圧的な共同体を築いていた元政府高官であるグランダーソン中尉の母親に、一時船を奪われる。
乗員たちはレジスタンスと協力して、艦を取り戻す。
チャンドラー艦長は妻の死を知り、退役して子供たちと暮らそうと考えるが、翻意して再び「ネイサン・ジェームズ」に戻り、世界中にワクチンを届ける任務に就く。
一方、発病しなかったゆえに「神に選ばれた」と信じる英海軍潜水艦乗りのショーン・ラムジー率いる自然免疫保持者のグループは世界支配を狙い、生存する最高位の閣僚のミッチェナーを大統領に擁立して生存者を組織化する。
各地でのワクチン製造を妨害するため原潜のミサイルで爆破し、ウイルス拡散の元凶であるニルスを使って感染を広めて、「ネイサン・ジェームズ」と対立する。
チャンドラーら乗組員はミッチェナーを奪還して艦に迎え、洗脳を解く。
スコット博士はニルスを殺害し、その生体サンプルからワクチンの新たな拡散法を開発する。
自然免疫保持者グループは「軍がウイルスを開発した」との嘘を独自通信網「ワルキューレ」で広めて市民を扇動しようとする。
それに対抗するべく「ネイサン・ジェームズ」は、その開発者であるヴァレリーの協力を得て、大統領の声を国民に届ける。
「ネイサン・ジェームズ」は、ラムジーの乗る潜水艦を戦闘で沈め、ミシシッピー川を上りながらワクチンを広めていく。
おい!
あまりじゃないか。
何十億人もウィルスに感染させ、死に導いたニルスを始末したからって何だったいうの。
その後、スコット博士は、効率的にワクチンを人に配るための方法を考え出したのよ。
じょうたんじゃない。
自分がスコット博士の立場なら、もう話もしないかも。
それにしても、潜水艦は強い。
あんなに強いなら、潜水艦ばかり、たくさん作りたい。
もっとも乗る人がいるかどうかは問題だけど。
駆逐艦に潜水艦も付いていたら最強かもね。
最後、マジ!嘘でしょ!
あまりにショックで、しばらくディスプレイから離れられなかった。