民俗学専攻の大学生・堤春奈は卒業論文のテーマに「神隠し」を選び、実際に異世界に行ったという葉山純子を探し当て家を訪ね、当時の出来事を聞き取る。

 

高校教師だった純子は残業で遅くなり、終電で帰途についていたが、気がつくと辺りは昼間で、電車は遠州鉄道にはないはずのトンネルを通過し、見知らぬ場所を走っていた。

 

やがて電車は「きさらぎ駅」という見知らぬ駅で停車する。
一緒に降りたのは若者3人組・松井美紀、飯田大輔、岸翔太とサラリーマン・花村貴史、それに純子の高校の女生徒・宮崎明日香の5人である。

 

付近の民家は全て無人で、美紀、翔太と一緒に駅の外に出ていた大輔が怪異に襲われる。
美紀たちは恐怖を感じて駅から離れようと線路を歩いて逃げようとし、純子と明日香も一緒に逃げる。

 

だが、美紀と後から追いかけてきた貴史も怪異に襲われていく。
純子は健気で頑張り屋な明日香と助け合い、「光の扉」に辿り着くが、結果として、元の世界に戻れたのは純子だけだった。

 

春奈は純子が話したのと同じルートをなぞる事で「きさらぎ駅」に辿り着く。
一緒に降りた5人は前回と同じ人々だが、記憶は全てリセットされている。

 

純子から聞いた話を元に一同を導く春奈。たどり着くまでの道筋や誰がどこで怪異に遭うかなど、多少の食い違いはあるものの、春奈と明日香が「光の扉」に辿り着くが、元の世界に戻れるようになったのは明日香だけとなる。

 

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