出動中に部下を誤射したと疑われ異動命令を受けた警視庁SIT丙部隊長・瀬文焚流は、公安部公安第五課未詳事件特別対策係（通称：未詳）の一員となり、係長の野々村光太郎の下、天才だが変人の捜査官・当麻紗綾とコンビを組む。

 

未詳とは、一見ひまな左遷先であるが、他部署で手に負えない事件や、超能力など科学的に説明のつかない事象に関わる難事件を捜査する部署である。当麻と瀬文は、予言者や千里眼を得たと称する死刑囚からの挑戦、他人に憑依する犯罪者などSPECを持つ者たちの関係する奇妙な事件に、当麻の天才的推理と肉体派の瀬文のコンビで次々と立ち向かってゆく。

 

ほぼ一話完結方式で進む物語は、中盤から拘置中の予知能力者・冷泉俊明拉致未遂事件などにより、SPECホルダーたちによる秘密組織の存在が判明し、それに対抗し殺人なども含む非合法の治安維持を行う公安零課の暗躍などが描かれる。

 

このような中で、当麻と瀬文は先輩の里中貢の家族や誤射事件で重体になっている部下・志村優作を治療するため、協力してSPEC関連の事件を捜査し、絆を深める。

 

やがて、瀬文は志村を救うため、当麻の宿敵である一十一（ニノマエジュウイチ）の所属組織と取引するが、約束を破られ志村を殺害される。

 

瀬文が巻き込まれた誤射事件も、SPECホルダー組織によるものであることが明らかになり、瀬文は志村の復讐のため未詳を出て公安零課入りするが、ニノマエはその能力により組織を恐怖支配してトップに立ち、零課を壊滅させるなど悪行を重ねる。

 

当麻はニノマエの無敵のSPECを打ち砕く作戦を立て、勝利するが、その場で彼の正体と、影でニノマエを操ってきた、

 

他人の記憶を操る別の敵の存在を知る。当麻と瀬文は敵に消された記憶を取り戻し、対決により傷を負いながらも、その敵を倒す。

 

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